清华附中教科室成立于1982年。历届主任有：万邦儒（校长）、陈三（副校长）、孙修哲、王武镝、董蓓、刘慧霞。

      早期的教科研工作，注重实践、脚踏实地，如：坚持与历届高三毕业生的座谈，通过学生反馈改进学校工作；开设家长学校，在形成家庭、学校、社会大教育环境方面做了大量有益的工作；总结学生的学习方法和教师的教改经验等，如“少、精、严、活”的教育思想至今仍有极大的指导意义。坚持编印《教育科研园地》40多期，为学校留下了宝贵的财富。在2000年附中编印的《清华附中教育思想文集》（上、中卷）中整理了其中大量有价值的文章、笔录和教育思想。

      加强对外联系与合作。清华附中积极参与各级教育科研活动，并以课题的形式有步骤地开展教育教学研究，“九五”期间有多项国家级、市级、区级课题圆满结题。目前正在进行“十五”各级课题的申报工作。响应学校人人有课题的号召，现有85%的教师申报课题，并形成学校重点课题群，逐级向区、市、全国申报。 教科室主办、协办各种类型的教科研现场会，如：协办全国首届“新世纪中学教学论坛”；承办海淀区“中青年教师成长道路研讨会”和各级研究课，为争取专家指导、宣传学校科研成果创造机会，为大家交流思想、形成浓厚的科研氛围提供条件。主办教育科研讲座并开展研讨活动。

    加强内部交流与宣传。教科室自成立以来，坚持举办“教育教学论文年会”已有15届，近年有90%的老师撰写文章，且论文质量逐年提高。许多论文在各级刊物上发表或在各级评比中获奖。教科室编印有校刊《清华附中教育教学研究》；学习资料《教育思想大讨论》；为师生编辑《科技信息》读本；总结、出版几十年来《清华附中教育思想文集》等。

    学校教科研工作多次获得表彰，被评为96-98年度海淀区先进教科室，98-00年度海淀区先进教科研学校，2001年北京市基础教育先进教科研中学。现为海淀区中青年理论工作者协会秘书处，海淀区中学心理工作者学会秘书处。

   学校科研气氛蔚然成风，教师科研积极性、主动性大大提高，科研能力和科研水平日新月异，教科研硕果累累，层出不穷。清华附中教科研将与时俱进，永不停息。